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高新技术企业认定程序复杂。依据《科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》（国科发火〔2016〕32号）的规定，企业认定高新技术企业需要经过自我评价、注册登记、提交材料、专家评审、认定报备、公示公告等一系列复杂程序。尤其是提交材料环节，企业需要知识产权和科研成果相关材料、高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明、企业职工和科技人员情况说明材料、中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告、中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告等若干资料，企业需要花费大量的人力和财力来准备相关资料，整个申报过程让不少企业经办人员感到疲惫不堪。
企业担心被税务机关后续抽查。出于对税收优惠后续监管的需要，有些税务机关会在加强服务的同时加大对高新技术企业优惠的涉税风险监控，防范企业弄虚作假，违规享受税收优惠。因此，高新技术企业被税务机关抽查的概率往往比一般企业要大得多，沃德税务所在服务中也发现有部分已认定的高新技术企业，因为数据不实等多种原因被取消优惠或取消资格，以及受到加收滞纳金等其他相应处理。
当企业忽视高新技术企业所得税的优惠规划、高新技术企业资格审核不合格、财务处理不规范、备案管理不到位、认定指标不符合等都会造成企业补缴税款的风险。
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